mengele'nin kliniğinde bulunanlardan biri, onun "tuhaf insanlardan oluşan dehşet verici bir koleksiyonu" olduğunu söylemiştir. bu koleksiyonda bir grup cüce, devler, bir gözü mavi bir gözü kahverengi olan insanlar ve doktorun özel olarak ilgilendiği ikizler vardı. mengele'yle çalışmak zorunda bırakılan hapishane doktorlarından birine göre "çingene kampından alınma saç, göz [ikizlerin gözleri] örnekleri saklıyor; el, ayak ve parmak izi almak için aletler bulunduruyordu. "insanlarla işi bittikten sonra, vücutlarının bazı parçalarını bir kenara ayırıp berlin'deki eski enstitüsüne gönderiyor, geriye kalanını krematoryuma yolluyordu. ikizler üzerindeki otopsiler, krematoryumun yanındaki özel laboratuvarda gerçekleştiriliyordu. ikizlerin çoğu çingene'ydi. çingene ikizlerden bazıları da gerçekten ikiz değillerdi. ikizlerin özel muamele -daha iyi yemekler yiyor, daha iyi ranzalarda yatıyor, dövülmüyorlardı- gördüklerini anlayan bazı kadınlar, aynı boydaki iki çocuğu ikiz diye gönderiyorlardı.
çingenelerde suç işleme oranlarıyla ilgili araştırmalar için "genetik olarak sonraki kuşağa geçen özdeş nitelikler"e ilişkin çalışmalar yapılıyordu; ikizler bu araştırmaların paha biçilmez denekleriydiler. ikizlerin diğer mahkumlardan daha iyi koşullara sahip olduğu doğruysa da bu tüm ikizler için geçerli değildi. bir gece mengele, vücutları parçalara ayırmaya başlamak için sağlıklı 14 ikiz çocuğun kalplerine kloroform enjekte etmişti.
eğer doktorlar arasında hangi hastalığın hastalara daha çok zarar verdiği konusunda bir anlaşmazlık varsa hasta hiç vakit kaybedilmeden incelenmek üzere parçalara ayrılıyordu. mengele, en sevdiği ikizlerini, "muhteşem bir ikili olan" yedi yaşındaki çingene çocuklarını böyle bir "tartışma"yı çözüme kavuşturmak için vurmuş ya da kendi deyişiyle "feda" etmiştir. (çocuklarda tüberküloz olduğundan şüpheleniliyordu.) kesinlikle tüberküloz olmalı, demişti mengele, tutsak doktorlardan birine; bir saat sonra geri dönmüş, "sakin bir şekilde" şunları söylemişti: "haklısın. hiçbir şey yokmuş." aradan geçen sürede iki çocuğu da öldürmüş, akciğerlerini ve diğer organlarını incelemişti.