galileo, copernicus'un gezegenlerin güneş'in etrafında döndüğü kuramına ta baştan beri inanmaktaydı; ama ancak, bu görüşü doğrulayacak tanıtları bulduktan sonra yaygın olarak desteklemeye başladı. copernicus'un kuramına ilişkin italyanca yazılar yayımladı ve görüşleri kısa bir süre içinde üniversite dışında da geniş destek gördü. bu, aristocu profesörleri çileden çıkararak, katolik kilisesini, copernicus'un düşüncelerini yasaklamaya ikna etmek üzere galileo'ya karşı birleştirdi.
bundan endişelenen galileo, kilise yetkilileri ile görüşmek üzere roma'ya gitti. incil'in amacının bilimle uğraşmak olmadığını, incil'in sağduyuyla çeliştiği yerlerde ise ancak mecazi anlamı olabileceğini savundu. ama kilise, protestanlığa karşı verdiği savaşı köstekleyecek herhangi bir skandaldan korkmaktaydı ve bu yüzden baskı önlemlerine başvurdu. copernicusçuluğu 1616 yılında "yanlış ve asılsız" ilan ederek, galileo'ya kesinlikle bir daha bu öğretiyi "tutmamayı ve savunmamayı" buyurdu. galileo buna razı oldu.
1623 yılında galileo'nun eski bir arkadaşı papa oldu. galileo hemen 1616 buyruğunun kaldırılması çabalarına girişti. bunu başaramadı ama şu iki koşulla: aristo ve copernicus kuramlarının her ikisini de anlatan bir kitap yayımlama izni almayı başardı. taraf tutmayacaktı ve insanoğlunun hiçbir şekilde dünyanın nasıl işlediğini belirleyemeyeceği sonucuna ulaşacaktı; çünkü tanrı aynı olayları, onun mutlak gücüne kısıtlamalar koyamayacak insanoğlunun kafasında hiçbir zaman canlandıramayacağı biçimlerde gerçekleştirebilirdi.
"iki ana dünya sistemine ilişkin diyalog" adlı kitap, sansürcüleri de arkasına alarak 1632 yılında tamamlandı ve basılır basılmaz avrupa'da edebi ve felsefi bir başyapıt olarak karşılandı. papa, bir süre sonra halkın kitabı copernicusçuluktan yana yorumladığının farkına vararak yayımlanmasına izin vermekten pişmanlık duydu. sansürcülerin resmi onayından geçmiş olmasına karşın, kitabın yine de 1616 buyruğuna karşı geldiğini ileri sürdü. galileo'yu engizisyon'un önüne çıkardı. engizisyon galileo'yu ömür boyu ev hapsine ve copernicusçuluğu halk önünde reddetmeye mahkum etti. galileo bir kez daha razı oldu.
galileo katolikliğe bağlı kaldı ama bilimin bağımsızlığına olan inancı hiçbir zaman kırılmadı. 1642'deki ölümünden dört yıl önce hala ev hapsindeyken, ikinci büyük kitabının el yazmaları hollanda'da bir yayıncıya kaçırıldı. işte "iki yeni bilim" diye bilinen bu çalışma, copernicus'a olan desteğinin de ötesinde, modern fiziğin doğuşu olacaktı.