"principia mathematica" -kuşkusuz fizik alanında yazılmış en etkili kitaptır- yayımlandıktan sonra şöhreti halkın gözünde hızla yükseldi. kraliyet derneği'ne [royal society] başkan olarak atandı ve şövalyelik nişanı verilen ilk bilim adamı oldu.
newton kısa bir süre sonra, kendisine principia için çok gerekli verileri sağlayan ama şimdi istediği bilgileri vermeyen kraliyet gökbilimcisi john flamsteed ile çatıştı. newton hayır diye bir yanıt kabul etmezdi. kendisinin kraliyet gözlemevinin yönetici kadrosuna atanmasını sağladı ve verilerin derhal basılması için zorlamaya başladı. en sonunda, flamsteed'in çalışmalarına el konup bu çalışmaların flamsteed'in ölümcül düşmanı edmond halley tarafından basıma hazırlanmasını sağladı. flamsteed bunun üzerine mahkemeye başvurdu ve çalınmış çalışmalarının dağıtımını engelleyecek mahkeme kararını tam zamanında çıkardı. öfkelenen newton, öcünü, principia'nın sonraki basımlarında flamsteed'e ait referansların hepsini sırasıyla çıkartarak aldı.
alman filozof gottrieb leibniz ile daha da ciddi bir anlaşmazlıkları vardı. leibniz ve newton'ın her ikisi de birbirinden bağımsız olarak modern fiziğin büyük ölçüde temeli olan "calculus" denen bir matematik dalını geliştirmişlerdi. newton'ın bu yöntemi leibniz'den yıllar önce bulduğunu şimdi biliyorsak da bu çalışmasını newton çok daha sonra bastırmıştı. iki tarafı da savunan bilimcilerle birlikte, kimin birinci olduğuna ilişkin korkunç bir patırtı kopmaktaydı. işin garip tarafı, newton'ı savunuyor görünen yazıların çoğu newton'ın kendisi tarafından kaleme alınmış ve arkadaşlarının adlarıyla yayımlanmıştı. kavga büyürken, leibniz anlaşmazlığın çözümlenmesi için kraliyet derneği'ne başvurma hatasını yaptı.
newton, başkan olarak, araştırma için "tarafsız" bir komite atadı, tesadüfen tamamen arkadaşlarından oluşan. bununla da kalmayıp komitenin raporunu kendisi yazdı ve leibniz'i eser hırsızlığıyla suçlayarak bu raporu kraliyet derneği tarafından bastırdı. bununla da yetinmedi, bu raporu konu alan bir yazıyı da kraliyet derneği'nin yayın organında isimsiz olarak yayımladı. leibniz'in ölümünden sonra, newton'ın "leibniz'in kalbini kırmaktan" büyük bir zevk aldığını açıkladığı söylenir.
bu iki anlaşmazlık sırasında newton cambridge'i ve akademik dünyayı zaten terk etmişti. önce cambridge'de, sonra parlamentoda antikatolik politikaya katıldı ve en sonunda kazançlı bir iş olan kraliyet darphanesi müdürlüğü'ne getirildi. yeteneklerini, burada sahtekarlığa karşı toplumca daha kabul edilebilir biçimde, sahte para basmaya karşı büyük bir kampanyaya önderlik ederek ve hatta birkaç kişiyi darağacına göndererek kullandı.